魏忠贤专权时,朝堂之上弥漫着诡异邪恶的风气,相比较言,东林党占上风时,最不济不过是一些公知用仁德忧虑、学术抗争带节奏而已,起码他们出发点还是为国为民,而阉党纯粹就是胡作非为祸国殃民了,他们用非人的手段大兴冤狱,无数东林党人被那帮跟着流氓耍流氓的阉党成员迫害,帮助天启即位立过大功的东林党人杨涟、左光斗,因为上书告发魏忠贤罪状,被他怀恨在心,背着天启将两位先后逮捕入狱,杨、左二人含冤被捕时,百姓竟哭声震天,无法挽留。无论这些对“正义”追求近乎病态的老夫子有没有做过迂腐愚蠢之事,必须值得一提的是,在和阉党斗争的过程中,他们从始至终坚持着那股固执的正气,梗着不肯低下的头颅维护自己的信念。这分不可抹杀的坚定,正是东林党执着秉承的博雅之风、浩然之气。
东林党人上疏无用,便将希望寄托于叶向高。叶向高时任内阁首辅大臣,魏忠贤还对他略有忌惮,最重要的是,他能够直接接触到天启,当面向他奏报魏忠贤种种罪责。可惜叶向高并没有杨涟左光斗等人的勇敢,他在魏忠贤强大的压力下胆怯了,只敢历数魏公公勤劳恭顺,却将罪行大而化小小而化无。然而魏忠贤并没有因此就放过叶向高,仅仅过了几月,叶向高就被魏忠贤逼得走投无路,不得不辞官回家。叶向高之后,首辅频换,直到阉党成员顾秉谦借机上位才止,顾秉谦很快成为魏忠贤的工具,他们相互勾结残害忠良。