这厢守孝期满，王恕总算可以复工了，他四处了解，得知刘通与石龙和尚已经搞得轰轰烈烈，“汉王”已经发展部队几千人，大碗喝酒，大口吃肉，日子过得相当潇洒，入伙的流民越来越多。三年前朝廷是让王恕招抚，现在已经不可能了，不打一仗，抓住首领刘通以及精神领袖白莲教徒，是解决不了问题的。于是王恕上疏朝廷，请求派大军征讨。成化二年（公元1466年），朱见深批准了军事方案，命抚宁伯朱永任总指挥，佥事鲍政、都督同知喜信充左、右参将，统率京营旅与山东班军15000人，太监唐慎、少监林贵奉监军，工部尚书白圭提督军务，会同巡抚湖广都御史王俭、抚治荆襄都御史王恕、湖广总兵李震等，合力讨伐。
一月二十二日左右，朱永到达襄阳西南的南漳县，得知刘通等人的巢穴在豆沙河一带，正要前进，身体却出了问题，只好留在南漳，由工部尚书白圭指挥官军，分四路围攻豆沙河。刘通见官兵人多势众，自知难敌，就分两路突围，但一直没有成功。四月上旬，刘通被俘虏，石龙很快也寡不敌众，被部将刘长子抓起来，献给白圭。为了震慑民众，朱见深下令把刘通、石龙以及其他首领凌迟处死，也就是千刀万剐。刘长子虽然有立功表现，但不足以将功赎罪，他们的家属也都受到牵连。